Pada era pemerintahan Hindia Belanda di Surabaya, sekelompok orang Belanda yang berjiwa sosial, pada tanggal 9 Juni 1897 membentuk perkumpulan bernama Surabayasche Zieken Verpleging (SZV), dipimpin oleh HJ Offerhaus. Perkumpulan tersebut memberikan bantuan pelayanan kesehatan penduduk Jawa Timur khususnya Surabaya dengan mendirikan tempat pelayanan kesehatan lengkap dengan fasilitas dan sarana yang diperlukan, pelayanan kesehatan tersebut ditujukan bagi orang sakit, tanpa membedakan tingkat sosial, agama, ras dan kebangsaan.

Tahun 1899, didirikan Klinik di Jl. Ngemplak dipimpin oleh Zr. Bonnekamp dengan kapasitas 78 TT . kemudian di tahun 1921, Perkumpulan Surabayasche Zieken Verpleging (SZV) membeli sebidang tanah di kawasan Darmo untuk didirikan Rumah Sakit. pada tanggal 15 Januari 1921 peletakan batu pertama oleh SZV yaitu Ny. Hempenius.

Pada pemerintahan Jepang (perang Pasifik), gedung Rumah Sakit digunakan sebagai bengkel untuk memperbaiki dan menyimpan senjata berat serta kendaran perang juga sebagai camp Interniran anak-anak dan wanita. Pada saat itu Zr Belanda sempat menyelamatkan sebagian inventarisasi dan membuka klinik di jalan jawa yang akhirnya harus ditutup juga. Setelah pasukan Sekutu datang ke Surabaya, camp diambil alih oleh Letkol Rendall pada tanggal 27 Oktober 1945 di depan gedung Rumah Sakit Darmo terjadi pertempuran antara tentara sekutu dengan para pemuda Surabaya. Pertempuran tersebut mengawali terjadinya peristiwa 10 November 1945. Gedung Rumah Sakit dijadikan benteng pertahanan oleh pasukan Brigade Jenderal AWS Mallaby. Dengan berakhirnya masa pendudukan jepang , oleh pihak sekutu yang waktu itu secara de facto mengusai kota Surabaya, Rumah Sakit Darmo dikembalikan lagi ke SZV dan di operasionalkan lagi sebagai rumah sakit.

Februari 1950 atas prakarsa beberapa pemimpin perusahaan dagang besar Belanda (± 55 anggota) didirikan Yayasan Stichting Medisch Contact Oost Java (SMC) dengan tujuan membantu membiayai pengelolaan, termasuk biaya pemeliharaan gedung dan fasilitasnya, agar Rumah Sakit Darmo dapat menyelenggarakan pelayanan kesehatan untuk Jawa Timur dalam arti seluas-luasnya. Berkat bantuan “SMC ” Rumah Sakit Darmo mengalami kemajuan pesat, berturut-turut dibuka kamar operasi dengan peralatan yang lengkap, ruang anak dan penambahan jumlah tempat tidur. Beberapa dokter spesialis didatangkan dari Belanda seperti Dr.kopp, Dr.Lodewijks ( keduanya dokter ahli bedah ) maka dimulailah era spesialisasi di Rumah Sakit Darmo.

Tahun 1959, dengan memburuknya hubungan antara Belanda dan Indonesia (akibat sengketa irian) maka putuslah hubungan diplomatik kedua negara dan diambil alihlah sejumlah perusahaan Belanda oleh Indonesia, Rumah Sakit Darmo pun mengalami dampaknya, personil rumah sakit yang berasal dari Belanda berangsur-angsur dipulangkan ke negeri Belanda digantikan personil orang Indonesia. Orang Indonesia yang pertama kali duduk dalam perkumpulan RS Darmo adalah Bapak Fajar Notonegoro (alm).

Tanggal 31 Agustus 1994, Pengurus Rumah Sakit Darmo mengganti Perkumpulan Rumah Sakit Darmo menjadi Yayasan Rumah Sakit Darmo. Dengan berjalannya waktu Rumah Sakit Darmo terus mengembangkan pelayanannya memenuhi tuntutan masyarakan terhadap kesehatan. Pada tahun 2004 Kamar bedah sentral (Instalasi Bedah Sentral) diresmikan oleh Gubernur Jatim Bpk. Imam Oetomo, tahun 2005 ruang ICU/ICCU diperluas dengan menambah kapasitas tempat tidur menjadi 12 TT yang awalnya hanya 7 TT.

Pada tahun 2008 Rumah Sakit Darmo dinobatkan sebagai rumah sakit cagar budaya oleh Dinas Kebudayaan dan Pariwisata kota Surabaya, pada tahun 2010 Instalasi Rawat Jalan di kembangkan menjadi 2 lantai sebagai poliklinik terpadu diresmikan oleh Wali kota Surabaya Bpk Bambang DH, di rawat jalan berbagai pelayanan spesialis dapat dilayani secara terpadu. Tahun 2011 Rumah Sakit Darmo ditetapkan lulus akreditasi 16 pelayanan, dan tahun 2014 Rumah Sakit membuka pelayanan anak secara paripurna melalui Darmo Children Center ( DCC ) yang diresmikan oleh wali kota surabaya Ibu Tri Rismaharini.

Selain tersebut diatas Rumah sakit Darmo memiliki pelayanan rawat inap dengan kapasitas 172 tempat tidur terdiri dari pasien dewasa dan anak – anak. Sebagai pelayanan unggulan rumah sakit Darmo adalah Urologi Center yaitu segala jenis penyakit dan tindakan terkait urologi dapat ditangani di rumah sakit Darmo, dengan menggunakan alat –alat canggih seperti alat GLL ( Green Light Laser ) yaitu alat canggih yang digunakan untuk operasi prostat, alat pemecah batu ginjal dan pelaksanaan transplantasi ginjal, dan pelayanan Hemodialisa. Unggulan lain adalah bidang Endoscopy melalui endoscopy dapat melakukan tindakan pengambilan batu empedu tanpa operasi yaitu dengan tindakan ERCP, begitu juga tindakan operasi dengan teknih laparascopy.

Pada Tahun 2016 Rumah sakit Darmo dinyatakan telah lulus Akreditasi Nasional KARS PERSI 2012 dengan Predikat LULUS PARIPURNA.